蛋白質(zhì)工程新篇 | AI Design&無(wú)細(xì)胞蛋白合成系統(tǒng)
人工智能(AI)正在徹底改變蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)領(lǐng)域,借助深度學(xué)習(xí),科學(xué)家能夠設(shè)計(jì)出前所未有的酶、生物材料和藥物蛋白。然而,將計(jì)算機(jī)生成的序列轉(zhuǎn)化為實(shí)際功能仍需實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證。傳統(tǒng)依賴(lài)活細(xì)胞的蛋白表達(dá)流程周期長(zhǎng)、通量低,且難以表達(dá)有毒或復(fù)雜蛋白,已成為AI賦能落地的瓶頸。
無(wú)細(xì)胞蛋白合成系統(tǒng)跳出了活細(xì)胞的限制,直接在體外利用細(xì)胞提取物合成目標(biāo)蛋白,如同將細(xì)胞內(nèi)的生命合成“生產(chǎn)線”搬到了試管中。
細(xì)胞體系vs. 無(wú)細(xì)胞體系:瓶頸與突破
傳統(tǒng)細(xì)胞體系的局限
盡管工程微生物或細(xì)胞系作為蛋白質(zhì)生產(chǎn)的“工廠”已有數(shù)十年歷史,但活細(xì)胞的天生局限在AI時(shí)代被進(jìn)一步放大。細(xì)胞生長(zhǎng)速度、營(yíng)養(yǎng)消耗、代謝副產(chǎn)物積累等因素均會(huì)影響生產(chǎn);培養(yǎng)過(guò)程對(duì)無(wú)菌環(huán)境要求嚴(yán)苛,放大規(guī)模時(shí)風(fēng)險(xiǎn)增加。最關(guān)鍵的是,細(xì)胞是一個(gè)以自身生存為最高準(zhǔn)則的系統(tǒng)。如果外源目標(biāo)蛋白對(duì)其有毒性或干擾正常代謝,細(xì)胞會(huì)通過(guò)降低表達(dá)、甚至停止生長(zhǎng)來(lái)對(duì)抗。這導(dǎo)致開(kāi)發(fā)周期長(zhǎng)、表達(dá)效率不穩(wěn)定、普適性差。當(dāng)AI能輕松生成成百上千個(gè)候選序列時(shí),傳統(tǒng)的細(xì)胞工廠卻無(wú)法進(jìn)行與之匹配的高通量并行制造,瓶頸尤為突出。
無(wú)細(xì)胞體系的突破性優(yōu)勢(shì)
無(wú)細(xì)胞蛋白質(zhì)合成(CFPS)提供了截然不同的路徑。它提取細(xì)胞內(nèi)部的轉(zhuǎn)錄、翻譯核心machinery(如核糖體、tRNA、相關(guān)酶與能量系統(tǒng)),在體外試管環(huán)境中,直接以DNA或mRNA為模板合成蛋白質(zhì)。由于無(wú)需維持細(xì)胞存活,CFPS展現(xiàn)出獨(dú)特優(yōu)勢(shì):
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開(kāi)放與可控:反應(yīng)體系完全開(kāi)放,研究者可自由調(diào)整離子強(qiáng)度、輔因子濃度,甚至直接添加非天然氨基酸或合成生物學(xué)元件,不受細(xì)胞膜屏障和體內(nèi)調(diào)控機(jī)制的限制。
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快速與高效:省去了克隆構(gòu)建與細(xì)胞培養(yǎng)的漫長(zhǎng)步驟,一個(gè)典型的CFPS反應(yīng)在幾小時(shí)內(nèi)即可完成目標(biāo)蛋白的合成。
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高通量與并行化:無(wú)需分別培養(yǎng)多個(gè)菌株,僅需提供不同的DNA模板,即可在96或384孔板中同時(shí)合成數(shù)十至數(shù)百種不同蛋白質(zhì),極其適合與AI設(shè)計(jì)聯(lián)動(dòng)的迭代篩選。
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通用性與靈活性:可采用原核(如大腸桿菌提取物)或真核(如小麥胚芽、兔網(wǎng)織紅細(xì)胞)系統(tǒng),滿足不同蛋白(包括某些需簡(jiǎn)單翻譯后修飾的蛋白)的表達(dá)需求。
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便攜性與分布式生產(chǎn):體系易于凍干儲(chǔ)存和運(yùn)輸,可在需要時(shí)現(xiàn)場(chǎng)激活進(jìn)行生產(chǎn),為分布式生物制造與現(xiàn)場(chǎng)診斷提供了可能。
一言以蔽之,無(wú)細(xì)胞合成突破了“細(xì)胞工廠”的傳統(tǒng)模式,將分散的細(xì)胞內(nèi)“小作坊”整合為體外可控的“規(guī)模化生產(chǎn)線”,為蛋白質(zhì)工程賦予了前所未有的自由度。
核心維度對(duì)比下面我們以一張表格總結(jié)傳統(tǒng)細(xì)胞體系與無(wú)細(xì)胞體系在若干關(guān)鍵維度上的對(duì)比:
AI與無(wú)細(xì)胞:強(qiáng)強(qiáng)聯(lián)合的協(xié)同效應(yīng)
AI已在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、序列生成與功能設(shè)計(jì)方面展現(xiàn)出強(qiáng)大威力,成為當(dāng)之無(wú)愧的“創(chuàng)意引擎”。它能夠快速探索遠(yuǎn)超天然多樣性的序列空間,提出海量候選分子。過(guò)去依賴(lài)細(xì)胞體系,一次測(cè)試幾十個(gè)變體已是負(fù)擔(dān),顯然無(wú)法承接AI噴薄而出的設(shè)計(jì)洪流。這正是無(wú)細(xì)胞體系的價(jià)值所在:它有潛力成為連接數(shù)字世界與物理實(shí)體的高效橋梁,將AI的海量設(shè)計(jì)方案快速轉(zhuǎn)化為可測(cè)試的真實(shí)分子。
將人工智能的設(shè)計(jì)能力與無(wú)細(xì)胞體系的快速合成能力相結(jié)合,被視為突破蛋白質(zhì)工程瓶頸的關(guān)鍵。AI是“加速器”,負(fù)責(zé)產(chǎn)生創(chuàng)意;無(wú)細(xì)胞是“釋放器”,負(fù)責(zé)將創(chuàng)意快速現(xiàn)實(shí)化。二者協(xié)同,產(chǎn)生的效應(yīng)遠(yuǎn)大于簡(jiǎn)單相加。
1. 極大加速設(shè)計(jì)迭代循環(huán)
無(wú)細(xì)胞體系將傳統(tǒng)“設(shè)計(jì)-構(gòu)建-測(cè)試”周期從數(shù)周壓縮至數(shù)小時(shí)。研究人員可在一天內(nèi)完成從DNA模板到蛋白合成與活性檢測(cè)的全流程,實(shí)現(xiàn)“設(shè)計(jì)-驗(yàn)證-優(yōu)化”的次日迭代,極大提升了研發(fā)效率。
2. 完美承接AI的高通量輸出
無(wú)細(xì)胞系統(tǒng)天然適配高通量操作,可在微孔板中并行合成與測(cè)試AI生成的數(shù)十至上百個(gè)候選序列,有效規(guī)避細(xì)胞培養(yǎng)中的交叉污染與生長(zhǎng)差異問(wèn)題,從而實(shí)現(xiàn)大規(guī)模、系統(tǒng)化的快速篩選與優(yōu)化。
3. 共同突破天然生物學(xué)的限制
AI可設(shè)計(jì)含非天然氨基酸或特殊結(jié)構(gòu)的“非自然”蛋白,而活細(xì)胞往往難以表達(dá)此類(lèi)分子。無(wú)細(xì)胞體系無(wú)生存壓力,可通過(guò)外源添加非天然底物或輔因子,直接合成這些特殊蛋白,極大拓展了AI的設(shè)計(jì)邊界。
4. 構(gòu)建數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)的學(xué)習(xí)閉環(huán)
無(wú)細(xì)胞系統(tǒng)不僅是驗(yàn)證工具,更是高質(zhì)量數(shù)據(jù)源。其所獲得的蛋白活性、表達(dá)量等數(shù)據(jù)可實(shí)時(shí)反饋至AI模型,用于優(yōu)化后續(xù)設(shè)計(jì)。更進(jìn)一步,AI亦可反向優(yōu)化無(wú)細(xì)胞體系反應(yīng)條件,形成“設(shè)計(jì)-構(gòu)建-測(cè)試-學(xué)習(xí)”的強(qiáng)化回路,推動(dòng)系統(tǒng)持續(xù)進(jìn)化。
綜上所述,人工智能與無(wú)細(xì)胞蛋白合成的結(jié)合,打通了從“比特”到“原子”的快速通道。計(jì)算側(cè)的海量創(chuàng)意不再受限于緩慢的實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證,而高速的實(shí)驗(yàn)反饋又持續(xù)滋養(yǎng)和提升著計(jì)算模型。這種協(xié)同正在催生質(zhì)的飛躍,加速新藥、新酶、新生物材料的發(fā)明進(jìn)程。
產(chǎn)業(yè)格局與未來(lái)展望
技術(shù)成熟度曲線正將“AI+無(wú)細(xì)胞”從前沿科研推向產(chǎn)業(yè)應(yīng)用,孕育出一個(gè)快速增長(zhǎng)的新興市場(chǎng)。QYResearch調(diào)研顯示,2023年全球無(wú)細(xì)胞蛋白表達(dá)市場(chǎng)銷(xiāo)售額達(dá)到了15億元,預(yù)計(jì)2030年將達(dá)到23億元,年復(fù)合增長(zhǎng)率(CAGR)為6.2%(2024-2030)。這背后是制藥、生物技術(shù)領(lǐng)域?qū)焖俚鞍踪|(zhì)開(kāi)發(fā)工具的迫切需求。
當(dāng)然,邁向大規(guī)模產(chǎn)業(yè)化仍面臨挑戰(zhàn):
- 復(fù)雜蛋白表征:對(duì)于需要復(fù)雜翻譯后修飾(如精確糖基化)的蛋白(如某些治療性抗體),無(wú)細(xì)胞體系的產(chǎn)物與天然產(chǎn)物的一致性仍需不斷提升。
- 成本與供應(yīng)鏈:核心試劑成本仍是制約因素。但隨著需求增長(zhǎng)、工藝優(yōu)化及規(guī)?;a(chǎn),成本將持續(xù)下降。可重復(fù)使用或連續(xù)流CFPS系統(tǒng)也將提升經(jīng)濟(jì)性。
- 人才與范式轉(zhuǎn)變:新范式要求團(tuán)隊(duì)同時(shí)精通AI計(jì)算、生物學(xué)與自動(dòng)化實(shí)驗(yàn)操作,對(duì)研發(fā)組織結(jié)構(gòu)和人才培養(yǎng)提出了新要求。
我們正站在一場(chǎng)生物工程范式轉(zhuǎn)變的起點(diǎn)。AI賦能設(shè)計(jì),無(wú)細(xì)胞賦能快速實(shí)現(xiàn),兩者結(jié)合將生物創(chuàng)制效率提升了一個(gè)數(shù)量級(jí)。學(xué)術(shù)上,它讓我們能更自由地探索“序列-結(jié)構(gòu)-功能”的未知領(lǐng)域;產(chǎn)業(yè)上,它有望大幅縮短新藥與新材料的研發(fā)周期,降低成本。未來(lái)5-10年,隨著AI算法更精準(zhǔn)、無(wú)細(xì)胞平臺(tái)更高效、更經(jīng)濟(jì),這一組合將從“前沿技術(shù)”變?yōu)樯镏圃斓摹皹?biāo)準(zhǔn)配置”。
結(jié)語(yǔ):開(kāi)啟蛋白質(zhì)工程的新大門(mén)
AI與無(wú)細(xì)胞蛋白合成的融合,為蛋白質(zhì)工程開(kāi)啟了新的大門(mén)。AI是創(chuàng)意的源泉,無(wú)細(xì)胞是實(shí)現(xiàn)的高效裝置。兩者協(xié)同,克服了傳統(tǒng)細(xì)胞體系的根本性瓶頸,在研發(fā)速度與設(shè)計(jì)廣度上實(shí)現(xiàn)了雙重飛躍。
為響應(yīng)AI驅(qū)動(dòng)蛋白設(shè)計(jì)的快速發(fā)展,泓迅生物推出無(wú)細(xì)胞蛋白表達(dá)服務(wù)平臺(tái)。若你正籌劃把AI生成的序列快速落地驗(yàn)證,或需要從 DNA→RNA→Protein 的端到端交付,我們就是能讓項(xiàng)目“明天更快一點(diǎn)”的那雙手:
- AI-powered CFPS:2小時(shí)檢測(cè)、并行篩選、條件可調(diào)、難表達(dá)/有毒蛋白更友好。
- 基因與寡核苷酸合成:超百億堿基經(jīng)驗(yàn)、復(fù)雜序列攻關(guān)、100%準(zhǔn)確交付與經(jīng)濟(jì)交期。
- 多平臺(tái)蛋白表達(dá)/制備:無(wú)細(xì)胞/細(xì)菌/酵母/昆蟲(chóng)/哺乳動(dòng)物齊備,定制載體/宿主/標(biāo)簽策略。
- 一站式合成生物服務(wù):從基因合成、CRISPR文庫(kù)構(gòu)建、病毒包裝到RNA與抗體服務(wù),我們提供覆蓋“DNA→RNA→Protein”全流程的研發(fā)支持。
- 合規(guī)與團(tuán)隊(duì):200+科研人員、制造級(jí)質(zhì)量體系,面向藥物、診斷、材料等多場(chǎng)景落地。
當(dāng)AI這臺(tái)強(qiáng)力引擎安裝到無(wú)細(xì)胞這個(gè)靈活底盤(pán)上,生命科學(xué)創(chuàng)新的跑車(chē)將駛向更廣闊的天地。讓AI的創(chuàng)造力與無(wú)細(xì)胞的執(zhí)行力在同一條生產(chǎn)線上匯合——把序列交給我們,把時(shí)間贏回來(lái)。
為什么選擇泓迅
領(lǐng)先的技術(shù)優(yōu)勢(shì)—AI賦能的合成生物學(xué)技術(shù)
成熟的蛋白表達(dá)經(jīng)驗(yàn)——五大蛋白表達(dá)系統(tǒng),自主研發(fā)數(shù)十種高效表達(dá)載體
更高的價(jià)值服務(wù)—一站式生物分子解決方案
Syno?C 引物合成
RNA合成
mRNA合成
Syno?GS 基因合成
載體構(gòu)建
高通量及DNA文庫(kù)構(gòu)建
CRISPR基因編輯平臺(tái)
病毒包裝
基因測(cè)序及分析
重組蛋白表達(dá)平臺(tái)
抗體工程平臺(tái)
多肽服務(wù)
生物信息學(xué)分析與設(shè)計(jì)
CRISPR文庫(kù)
合成生物學(xué)產(chǎn)品
ProXpress蛋白快速檢測(cè)
CRISPR 質(zhì)粒



















